Nejvýznamnější teritoriální oblastí z hlediska zahraničně obchodních vztahů České republiky je Evropská unie. Česká republika realizuje v této oblasti přibližně 70% svých exportů, přičemž tento podíl od vzniku samostatné České republiky neustále stoupá. Importy z EU tvoří asi 60% českých importů a jejich podíl na českém dovozu je po celé sledované období přibližně konstantní. Do konce 90. let byly problémem vysoké obchodní deficity s touto oblastí, od roku 2001 však obchodování končí se stále vzrůstajícími přebytky, což souvisí se stále rostoucí schopností českých exportérů.
V rámci obchodních vztahů s Evropskou unií má dominantní postavení SRN, která je přímým geografickým sousedem České republiky. S touto zemí realizuje Česká republika přes 30% svého zahraničního obchodu. Obdobně jako v případě Evropské unie byla dříve v obchodě s touto oblastí problémem pasivní obchodní bilance. Od roku 1998 je však obchodní bilance s Německem aktivní.
Slovensko, které před rokem 1993 tvořilo s Českou republikou společný stát, se stalo naším obchodním partnerem od tohoto roku. Jeho význam na zahraničním obchodu České republiky od tohoto roku klesá, pokles je více patrný u dovozů ze Slovenska než u vývozů. Česká republika vykazuje se Slovenskem trvale aktivní obchodní bilanci.
Specifickým obchodním partnerem České republiky je Čína. Ze zcela nevýznamné oblasti na počátku 90. let se stala pátým největším dovozcem do České republiky, zatímco její podíl na českém vývozu naopak poklesl. Problémem se staly stále se zvětšující deficity obchodní bilance ve vzájemném obchodu. Ty jsou generovány především ve skupině strojů a dopravních prostředků a různých hotových výrobků.
Rusko bylo do roku 1989 významným obchodním partnerem Československa. Od počátku 90. let naopak jeho podíl na vývozu a dovozu České republiky klesá. Česká republika má s Ruskem trvale deficitní obchodování, deficity jsou generovány zejména ve skupině minerálních paliv a maziv.