Přesto stejně jako sféra politická, také obchodně-ekonomické vztahy byly v posledních letech postiženy stagnací. Z české strany byly od r. 1997 s periodicitou zhruba 2 x ročně vedeny pokusy oživit obchodně-ekonomické vztahy. Veškeré pokusy však stejně periodicky troskotaly v důsledku personálních výměn v ruské vládě. Ty způsobily, že v letech 1998 -1999 ztratili představitelé českých ekonomických ministerstev na ruské straně partnery. K obnově ruské části MVK a meziresortních česko-ruských vztahů došlo až v r. 2000 po reorganizaci vertikály státní správy RF, ze které se aparát ruských ministerstev dosud vzpamatovává. Názorně stav OE vztahů dokresluje nízký podíl RF na celkovém exportu ČR, který stagnuje a v r. 2000 se pohyboval pod 1,5 %. V důsledku nárůstu cen energetických surovin došlo v r. 2000 naopak k cca 50 % nárůstu objemu dovozu z RF, který se podílel 6,5 % na celkovém importu ČR.
Zvrat ve sféře OE vztahů nepřinesla ani oficiální návštěva premiéra Zemana v Moskvě v dubnu 1999, kterého doprovázeli ministři průmyslu a obchodu, financí, dopravy a spojů a zemědělství. Provizorium v obsazení postů na ekonomických ministerstvech RF, bylo provázeno nedostatkem kompetencí, resp. odpovědnosti až nechutí při řešení problémů kolem existujících projektů spolupráce (např. tzv. Jamburgské dohody), natož pak k přijímání rozhodnutí o projektech, které by podporovaly zvýšení exportu z ČR (např. tzv. Garanční fond, organizace výroby automobilů Škoda v RF, aj.). S výjimkou výrobních investic je ostatně jakékoliv zvyšování importu do RF stále považováno za nežádoucí. Politika ministra ekonomického rozvoje a obchodu RF G. Grefa, podporovaná prezidentem Putinem, směřuje k oživení domácí výroby a k organizaci nových výrob v RF.
Spolupráce Ruska
Osobní pozornost věnuje prezident Putin rozvoji tzv. vojensko-technické spolupráce, která přinesla konkrétní výsledky v podobě výrazného meziročního nárůstu exportu zbraní a vojenské techniky v r. 2000. Z tohoto pohledu je předmětem zájmu RF i ČR, kde je třeba v souvislosti s uvažovanou návštěvou premiéra Kasjanova očekávat eskalaci tlaku na uzavření Dohody o vojensko-technické spolupráci mezi ČR a RF. Zde stojí na ruské straně v r. 2000 zformované Ministerstvo průmyslu, vědy a technologií RF.
Již během 6. zasedání MVK v Praze a při nedávné návštěvě vedoucího OAO Gazprom R. Vjachireva v ČR zahájila ruská strana přípravu svojí účasti v doprivatizaci petrochemického a plynárenského průmyslu v ČR. “SIBUR” – dceřiná společnost Gazpromu – jeví nepokrytý zájem o zakoupení Unipetrolu, Spolany aj. OAO Gazprom se takto v r. 2000 zmocnil druhé největší chemičky “Borsodchem”, když skoupil prostřednictvím nastrčené, v Irsku registrované společnosti, kontrolní balík akcií. Proti vůli vládních míst MR se pokusil dostat i ke kontrolnímu balíku akcií největší chemičky TVK. “Státní” zájem Ruska představuje OAO Gazpromu v jednání o účasti v privatizaci s.p. Transgas a distribuční sítě zemního plynu v ČR.
Existující smluvní základna, včetně dohod o ochraně investic a zamezení dvojího zdanění, představuje dostatečnou bázi pro rozvoj obchodně-ekonomických vztahů. Nedoznala od r. 1999 žádných změn.