V prvních letech transformace došlo k dramatickým změnám v organizaci zahraničního obchodu vedoucím k liberalizaci zahraničního obchodu. Tyto změny umožnily rozšířit počet subjektů provozujících zahraničně obchodní činnost a vedly k růstu objemu zahraničního obchodu v dalších letech. V tomto období se naopak ve vývoji zahraničního obchodu naplno projevil transformační pokles.
První kroky, které přispěly k liberalizaci zahraničního obchodu, byly přijaty v roce 1990. K vyrovnání poptávky s nabídkou přispěly devalvace provedené na počátku a v druhé polovině roku. Umožnily vznik kurzového polštáře, což vedlo k podpoře domácích výrobců vyvážejících na zahraniční trhy a naopak k znevýhodnění subjektů importujících do Československa. Souběžně bylo uvolněno podnikání a došlo tak ke zrušení monopolu podniků zahraničního obchodu. Další důležité změny se uskutečnily v roce 1991. Od počátku roku byla zavedena vnitřní konvertibilita koruny a byla snížena cla na průměrnou hodnotu 5%. V obavě o stabilitu platební bilance byla zavedena dovozní přirážka ve výši 20%, která byla poměrně rychle snížena s tím, jak se ukázalo, že nedochází k odlivu peněz ze země. Na konci roku 1991 byla potom uzavřena asociační dohoda s ES, jejíž součástí byla i asymetrická liberalizace. Evropské společenství ihned odstranilo překážky pro 70% československých dovozů, oproti tomu československo uvolnilo okamžitě jen 20 – 25% dovozů a zbytek mělo za úkol liberalizovat během následujících devíti let.
Deficity zahraničního obchodu nepřekročily ve sledovaném období výši 45 miliard a nepředstavovaly hlavní makroekonomický problém transformace české ekonomiky.
Zásadní změny nastaly ve vztazích s RVHP i v zemích RVHP samých. Zahraniční obchod na počátku 90. let odrážel pokles HDP, ztrátu tradičních odbytišť a výrazné strukturální změny, které probíhaly ve výrobě a obchodu. Tyto faktory se odrazily ve výrazných změnách struktury zahraničního obchodu.